历史发展
1958年，医院前身-北京医学院第三附属医院创建。
1985年，医院随学校更名为北京医科大学第三医院。
1987年，医科大学撤销医疗系建制，遂设该院为北京医科大学第三临床医学院。
1998年，北京医科大学、香港中文大学在医院设立联合眼科中心正式签约。
2000年4月21日，随着北京医科大学与北京大学合并，医院正式更名为“北京大学第三医院”、“北京大学第三临床医学院”，简称“北医三院”。
2005年7月，医院正式成为北京市奥运会定点医院。
2012年1月9日，医院成为北京市五家国家级卫生监督培训基地之一。
2016年2月，北京大学第三医院延庆医院挂牌。